动画电影《名侦探柯南：世纪末的魔术师》是《名侦探柯南剧场版》的第三部，该片主要围绕着罗马诺夫王朝的秘宝“记忆彩蛋”意外的在日本发现，柯南与老对手怪盗基德、以及神秘第三方之间对彩蛋展开的争夺战。小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜!
