《记忆中的玛妮》讲述因哮喘来到亲戚家疗养的杏奈，和住在老旧别墅里的神秘混血少女玛妮之间动人的友情故事。初中女孩佐佐木杏奈深藏无限的愁绪心事，她与疼爱自己的养母赖子也无法坦然相对。由于上学期间突发过呼吸的情况，于是杏奈利用暑假来到了风光秀美的北海道札幌市，在亲戚大岩清正和阿节阿姨家疗养。在叔叔家不远处的溪地，矗立着一座老旧但风韵独存的西式建筑，奇妙的感觉令杏奈注意到了它的存在。某个夜晚，心情低落的杏奈划着小船超该建筑划去，结果发现本该许多年没人居住的房子居然灯火通明，并且她在那里邂逅了与之年龄相仿的金发碧眼女孩玛妮。相似的心境让两个女孩成为好朋友，她们依恋着彼此，却不知各自的心底隐藏着怎样令人难以置信的因缘……
