《境界触发者第二季》由本乡满、畑野森生执导，讲述的是三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者"近界民"，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。被称为境界防卫组织"BORDER""的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲的熟人，并认识了三云修。修为了解近界民的真相，决定指引及监视人生路不熟的游真，两人的故事随着“BORDER"与“近界民"的战斗展开。
