面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level 5的御坂美琴(佐藤利奈 配音)如往常一样和初春饰利(丰崎爱生 配音)、白井黑子(新井里美 配音)等好友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信(叶山郁美 配音)，从而得知用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延…… 本片为镰池和马(原作)、冬川基(作画)的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。
